用MEGA构建进化树

2018/08/06 15:15:36

MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载。

https://www.megasoftware.net/

下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致(5’-3’)。

2. 打开MEGA软件，选择”Alignment”–“Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file,然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX”进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data，根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。

6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。