生物科学专业信息资源推介

2011/11/11 10:19:18

数据库名称 BGI 家蚕基因组数据库 BGI Silkworm Database

数据库简介家蚕基因组有28条染色体，约4.8亿碱基对，估计有基因4万个。2003年11月，中科院华大基因和西南农大等单位已率先完成家蚕基因组”框架图”绘制工作，在此基础上构架家蚕基因组数据库系统。包括国际最全的家蚕基因组研究数据，包括突变体、EST、基因、重复序列等基因组信息。

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关键字家蚕基因组

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数据库名称韩国大米基因组数据库 Korea Rice Genome Database

数据库网址 http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html

数据库简介 KRGD是韩国大米的基因数据库，它搜集有关韩国大米的所有基因。数据库提供的EST序列查找能够快速找到所要研究的基因的EST。数据库还提供韩国大米的基因图谱，帮助相对准确地在基因组染色体上找到基因的定位。KRGD目前由韩国Myongji大学的生物科学系负责维护管理。

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关键字 Korea 韩国rice大米genome 基因组

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数据库名称线虫基因组数据库AceDB

数据库网址 http://www.acedb.org/

数据库简介 AceDB是于1989年最初由Jean Thierry Mieg和Richard Durbin开发的一个基因组数据库系统。它提供一个自定义数据库核心和一个特别设计的非标准数据模型以便灵活地处理科学数据，以及一个绘图用户界面和许多特别的显示和基因组数据处理工具。AceDB用于管理基因组计划内的数据和使基因组数据供科学界使用。

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关键字 AceDBgenome基因组

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数据库名称线虫基因组预测蛋白数据库 WormPep C.elegans Proteins db

数据库网址 http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep/

数据库简介 Wormpep 包括了线虫基因组中所有预测蛋白。在线虫基因组数据库AceDB的基础上,它共有9,745,258个碱基长度的基因预测的22,246个蛋白序列(其中 1705个蛋白具有不同的剪接本)。搜寻方式可以使用蛋白序列、对应cDNA序列、序列的CDS编码和位置数据、蛋白的TREMBL或 Swiss－Prot编码等。另外，提供基于BLAST的同源比对。本数据库由线虫基因组计划衍生出来，主要数据由英国Sanger中心、美国圣路易斯测序中心提供和更新。

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关键字elegan worm线虫predicted protein预测蛋白

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数据库名称盘基网柄菌基因组数据库 DictyDb - Dictyostelium discoideum Genome Database

数据库网址 http://dictybase.org/

数据库简介盘基网柄菌基因组，包括染色体以及线粒体的全部基因组数据库, 在细胞粘菌中，由于盘基网柄菌的生活史最简单，且发育阶段分明，是极好的研究材料。该数据库不仅提供了盘基网柄菌的基因组信息，还为盘基网柄菌的序列提供了，已知及同源的基因列表，BLAST服务器，染色体定位图，已完成和进行中的基因敲除变异种的粘菌资料。并提供了相关的盘基网柄菌cDNA文库的链接及使用说明。该数据库由加州UCSD大学的发育基因项目（DGP）支持。

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关键字盘基网柄菌genome基因组

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数据库名称枯草杆菌基因组数据库 BSORF Bacillus subtilis Genome Database

数据库网址 http://bacillus.genome.ad.jp/

数据库简介枯草杆菌基因组数据库是由日本枯草杆菌协会建立的专业数据库。该数据库收集的数据主要分为两类：以彩色图谱显示的基因组图谱以及以列表形式出现的其他来源数据，如突变信息、DNA芯片数据。用户可以通过输入基因名称、描述性字眼、分类号等方式进行查询，也可以直接输入序列检索是否是枯草杆菌的基因组序列或基因组中的编码序列。该数据库最近一次更新于2003 年9月。

服务方式查询。

关键字 B. subtilis枯草杆菌genome 基因组

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数据库名称枯草杆菌基因组信息数据库 Bacillus subtilis Genetic Database

数据库网址 http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/

数据库简介该数据库介绍了枯草杆菌基因组的各方面信息，它包含了B. subtilis 168（枯草杆菌的模式菌种）4,214,630bp DNA，蛋白质序列以及相关基因的注释和功能推测。该数据库的信息主要来源于EMBL/GenBank/DDBJ 数据库以及发表

在国际杂志上或者相关方面科研工作者的报告，主要由Institut Pasteur维护（法国的一个私人的非盈利性的疾病预防基金会），它提供了方便的查询系统，可以通过输入基因名，基因的染色体定位以及功能分类进行查询，并可以对查出的序列进行BLAST等分析。它的特色是提供了枯草杆菌彩色的染色体定位图，在图上的每一点均提供了链接，介绍具体的基因定位及相关信息。具有感官认识，可以方便查询。

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关键字 B. subtilis枯草杆菌genome 基因组

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数据库名称枯草杆菌全基因组、基因图谱和密码子方面的数据库 NRSUB Non-redundant B.subtilis Database

数据库网址 http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

数据库简介该数据库收录了枯草杆菌的全基因组，并加入基因图谱和密码子方面的数据，可通过web方式查询，也可直接根据关键字、序列名称或基因编号查询，并提供序列文件全文搜索。库内总碱基数达4214814条；可由SWISS-PROT, ENZYME和HOBACGEN数据库参考相关基因家族；所有基因图谱位置由电脑计算得出，精确度为0.1。维护单位包括日本国家遗传所、法国里昂大学遗传学和群体生物学实验室、法国巴斯德学院基因表达调控系及瑞士生物信息学学院。

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关键字 B. subtilis枯草杆菌genome 基因组

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数据库名称酵母基因组数据库 Saccharomyces Genome Deletion Project

数据库网址 http://sequence-www.stanford.edu/group/yeast_deletion_project/deletions3.html

数据库简介酵母基因组数据库提供了Saccharomyces cerevisiae （酿酒酵母）基因组及其开放阅读框（open reading frame, ORF）功能的很多相关信息。其中开放阅读框的功能是通过基于基因剔除的PCR技术和突变的遗传分析获得的。数据库内容包括：不同的ORFs剔除品系、 ORFs剔除所用的引物序列、重要的ORFs等。此外，该数据库给出了很多技术和方法相关的文献并可以与YDPM 数据库（Yeast Deletion Project and Mitochondria Database）等相链接，它由Saccharomyces Genome Deletion Project Consortium（酵母基因组剔除研究计划协会）维护。

服务方式查询。2005, 25(11)中国生物工程杂志 China Biotechnology

关键字 Saccharomyces cerevisiae酿酒酵母genome 基因组

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数据库名称蓝细菌基因组数据库 CyanoBase-The Genome Database of Cyanobacteria

数据库网址 http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

数据库简介蓝细菌基因组数据库可以获得关于蓝细菌基因组结构的序列和全部解释资料。它最初由Makoto Hirosawa, Takakazu Kaneko和Satoshi Tabata创办，现在的版本由Kazusa DNA研究所Yasukazu Nakamura, Takakazu Kaneko和Satoshi Tabata发展并维护。生氧光合作用是地球上的最基本的生命过程，蓝细菌带有生氧光合作用的全部基因。该有机物出现于非常古老的年代，可以在多种环境下生存。该数据库还提供了很多其它菌类或藻类相关的链接，便于用户查找相关信息。

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关键字蓝细菌genome 基因组

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数据库名称细胞器基因组数据库 GOBASE - The Organelle Genome Database

数据库网址 http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

数据库简介 GOBASE-细胞器基因组数据库由加拿大健康研究院(CIHR)和加拿大医学研究委员会（MRC）资助，2003年12月建立，由Canada Dalhousie University维护。整合了与线粒体和叶绿体相关的各种数据，今后将包含细菌的信息。核酸和蛋白数据来源于NCBI的Entrez数据库，分类信息来源于NCBI的Taxon数据库。提供到PID, Entrez, Blast等的链接，界面友好，便于查询。

服务方式查询。

关键字细胞器genome

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基因组数据库名称基因组在线数据库 GOLD - Genomes On-line db

数据库网址 http://www.genomesonline.org/

数据库简介基因组在线数据库（GOLD）在国际网内提供全世界已完成的和正在进行的基因组项目，其中有315个已发表的完成的基因组项目和正在进行的804个原核生物的基因组项目和547个真核生物的基因组项目。

服务方式：查询。

关键字genome基因组

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数据库名称人类基因组图谱标准数据库 GeneLoc-The Unified Database for Human Genome Mapping (UDB)

数据库网址 http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc/

数据库简介人类基因组图谱标准数据库，GeneLoc整合了包括Genethon, NCBI，基因组数据库等在内的多个数据库的资料，统一了基因的收集，剔除了冗余的部分，并且赋予每一个基因有意义的定位标识符，也叫作基因卡片 ID。GeneLoc包含了人类所有染色体的基因整合信息，此外，与基因平行的DNA片段信息也包含在其中。它为用户提供了友好的检索界面，用户可以根据染色体的位置，基因名称，基因登记号等方式查询基因的具体定位。并为初学者提供了检索实例。该数据库由以色列生物信息 & Crown 人类基因组研究中心支持维护。

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关键字 human人类genome基因组

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数据库名称人类组织的全基因组数据库 HOWDY-Human Organised Whole Genome Database

数据库网址 http://gdb.jst.go.jp/HOWDY/top_en.pl

数据库简介人类组织的全基因组数据库是一个数据库系统为检索人的染色体信息并供给公众的不同的数据源。您能发现这里的信息从基因数据库自动地被提取和被显示以所有数据有标识符，共同兴趣和链接的数据。数据库促进获得人的基因的信息由使用正式标志和别名被HUGO 人的基因命名原则委员会、GDB 和LocusLink 批准。它为完成的contigs 并且提供人的染色体地图的一个图解看法并且产生辐射杂种地图。由日本科技集团维护，是一个集成的人类基因数据库，通过网络接口，用基因信号和基因别名访问数据库。

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关键字 human人类tissue组织genome基因组

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数据库名称 GDB人类基因组数据库 The GDB Human Genome Database

数据库网址 http://www.gdb.org/

数据库简介人类基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的百科全书，除了构建基因组图谱之外，还开发了描述序列水平的基因组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。目前GDB中有：人类基因组区域(包括基因、克隆、amplimers PCR 标记、断点breakpoints、细胞遗传标记cytogenetic markers、易碎位点fragile sites、EST序列、综合区域syndromic regions、contigs和重复序列)；人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、放射性杂交图谱、content contig图谱和综合图谱等)；人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上等位基因频率数据)。GDB数据库以对象模型保存数据，提供基于Web的数据对象检索服务，用户可以搜索各种类型的对象，并以图形方式观看基因组图谱。

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关键字 Human人类genome基因组

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数据库名称 DDBG/CIB 人类基因组数据库 (DDBJ/CIB Human Genomics Studio)

数据库网址 http://studio.nig.ac.jp

数据库简介自从人类基因组草图公布以后，已有大量的基因组序列注册到国际DNA 数据库里（DDBJ/EMBL/GenBank）。DDBJ/CIB Human Genomics Studio从2000年开始启动，由日本生物信息中心建立，它搜集了DNA数据库中人的基因组数据，并按24条染色体重新组织基因组序列。人们可以从该站点下载非冗余的人基因组序列。

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关键字 Human人类genome基因组

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数据库名称人类线粒体基因组数据库 MITOMAP － A Human Mitochondrial Genome Database

数据库网址 http://www.mitomap.org/

数据库简介 HMGDB是人类线粒体基因组数据库，它包含人类线粒体DNA的突变信息和多态性信息。数据库提供的查询功能可以通过基因名，疾病名和酶名来检索。可以通过访问线粒体蛋白库来获取有关蛋白的序列和三维结构等资料。数据库提供的MitoAnalyzer可以显示多态性如何影响人类线粒体DNA表达的蛋白。

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关键字 Human人类mitochondrial线粒体genome基因组

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数据库名称动物基因组数据库 Animal Genome Research Program(AGP)

数据库网址 http://animal.dna.affrc.go.jp/agp/index.html

数据库简介 Animal Genome Research Program(AGP)是由NIAS,ISTA和STAFF-Institute携手开发的一个合作项目。该项目构建了一个有关动物基因的数据库，通过使用酵母人工染色体的标记来对基因进行检索存放，利用DNA标记也能够方便地从数据库中找到所需要的基因数据。数据库提供的BAC Identifier是一个很有用的工具，输入详细的数据就能得到所要找的酵母人工染色体的编号。现在提供的PEDE还能通过使用EST片断来检索数据库查找信息。该数据库目前由上述三个机构共同维护管理。

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关键字 animal动物gene基因

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数据库名称阐释基因组DNA序列的工具 TRADAT - TRAnscription Databases and Analysis Tools

数据库网址 http://www.epd.isb-sib.ch/TRADAT.html

数据库简介由CNR-ITBA、GBF、GSF、 Medical Resource Council、ISREC、UNIL合作，旨在提供一种用特殊区域来阐释基因组DNA序列的工具。由于全基因组扫描使得数据量骤增，对这些序列的系统功能分析被对基因产物的结构功能分析取代。该数据库收集了序列分析的相关数据，并适当整合，用数学公式精确描述，对启动子、增强子、LCR和编码区、开放阅读框的关联作广泛分析，所有的数学公式用适当的模式基因组修正。

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关键字 tool工具genome 基因组

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数据库名称小鼠基因组信息数据库 The Mouse Genome Database

数据库网址 http://www.informatics.jax.org/

数据库简介小鼠基因组信息数据库由美国著名的杰克森实验室创建，提供了针对实验室小鼠的遗传学、基因组学和生物学数据的综合检索。该数据库提供了多种检索工具，如针对序列的小鼠BLAST。该数据库分类详细，用户可以根据所需选择适当的分类检索，如基因和标记、等位基因和表型、株系和多态性、基因表达、图谱、小鼠肿瘤生物学、探针和克隆以及参考文献等。该数据库允许用户按分类列表提交新的数据，同时也提供相关的数据下载服务。

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关键字 mouse小鼠genome 基因组

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数据库名称整合鼠基因及基因组数据库 The Rat Genome Database

数据库网址 http://rgd.mcw.edu/

数据库简介由威斯康星医学院和NIH血液中心创建，鼠基因及基因组的研究机构合作维护，旨在收集、巩固和整合鼠基因及基因组的研究成果，使之能尽快被科研机构取得，并提供数量显著位点、突变和其他表型数据，每月1日、15日更新。是目前全世界重要的鼠研究合作机构，有研究论坛和ftp下载。数据包括基因序列、QTL、SSLP、EST、家系、图谱等。可用的工具有BLAT、BLAST、基因注释、基因组扫描等。目前，日本和中国都有其镜像站点。

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关键字 mouse小鼠genome 基因组中国生物工程杂志China Biotechnology, 2005, 25(11):98～103