农业生物信息学数据库导航植物
农业生物信息学数据库导航–植物
2011/09/13 15:31:09
谷类作物 http://harvest.ucr.edu/ 美国
目前该数据库收集了大麦、短柄草属、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麦等作物的表达谱数据，及相关的一些分子信息（Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat）。
谷类作物 http://www.gramene.org/ 美国
Gramene Database是一个各种作物基因组信息的数据库，同时具备高级的各基因组间的分析功能。 作物 http://ukcrop.net/ 英国 UK CROPNET:英国农作物生物信息学网络数据库。拥有很多其自己开发的数据库和分析软件，同时也收集相关的一些文献和美国该领域的一些信息。1996
水稻 http://ars-genome.cornell.edu/rice/ 美国
GrainGenes是美国农业部和地域农业图书馆的植物基因组计划支持的麦燕麦和甘蔗遗传数据库
水稻 http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html 韩国
韩国水稻基因组数据库。
水稻 http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ 日本
KOME:水稻的生物分子数据库
水稻 http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE 日本
水稻数据库的统一化工具数据库。
水稻 http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ 中国
水稻转录因子数据库，该数据库包括了来自水稻品种indica和japonica中所有已知的和可能存在的转录因子信息。
水稻 http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/ 中国
Rice水稻基因组注释数据库 水稻 http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/ 日本
水稻蛋白组学数据库。 水稻 http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/ 日本
RAD: 水稻基因组注释数据库。
水稻 http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/ 日本
INE: 水稻基因组整合数据浏览器。
水稻 http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp 德国
MOsDB: The MIPS Oryza sativa database，水稻基因组数据库，包括序列数据，未来将把突变体信息、表达谱信息整合起来。
水稻 http://mpss.udel.edu/rice/ 美国
Rice MPSS database水稻大规模平行测序数据库。
水稻 http://orygenesdb.cirad.fr/ 法国
OryGenesDB:一个用于水稻反向遗传学研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds侧冀序列标签数据库，基因注释。
水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 日本 RAP-DB: 水稻注释计划数据库。
水稻 http://red.dna.affrc.go.jp/RED/ 日本 RED: 水稻表达谱数据库。
水稻 http://redb.ncpgr.cn/ 中国 REDB: 水稻EST数据库。
水稻 http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html 日本
水稻的基因组数据库（INE）整合了目前大规模测序后获得的关于水稻的基因组信息、cDNA 信息，遗传图谱、物理图谱的信息，并随着水稻测序的进行，持续增加新的信息。
水稻 http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp 中国
RISE: 水稻信息系统，包括水稻基因组的最新综合信息以及与其他谷类作物的比较基因组分析数据。
水稻 http://rice.genomics.org.cn/ 中国
水稻是一种主要的粮食作物，也是一种谷物基因组研究的模式物 种，北京基因组研究所（BGI）在水稻等作物基因组的测序、信息分析和生物学研究方面久负盛名。为了更好地研究，我们建立了水稻信息系统（BGI- RIS），整合了最新的数据以及比较基因组学分析数据。为了综合分析水稻的两大亚种，japonica和indica，BGI-RIS除了包括自己测序的 indica序列数据外，同时也收集了japonica及其他已知的谷类作物的基因组和EST数据。BGI-RIS对两亚种间的相关基因、重复元件、基因 重复、SNP都进行了注释。
水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/ 美国
水稻基因组注释计划。
水稻 http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop 日本
RiceFOX:水稻过表达拟南芥全长cDNA突变体数据库。
水稻 http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/ 日本
Rice GAAS:水稻基因组信息自动注释系统。
水稻 http://rkd.ucdavis.edu/ 美国
水稻蛋白激酶数据库。
水稻 http://rmd.ncpgr.cn/ 中国
RMD: 水稻突变体数据库
水稻 http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/ 日本
RMG:水稻线粒体基因组信息数据库。
水稻 http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 美国
RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因组表达数据库。
水稻 http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/ 日本
RPSD: 水稻蛋白结构数据库。
水稻 http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/ 中国
BGF是一个水稻基因组的基因预测工具 。
水稻 http://tos.nias.affrc.go.jp/ 日本
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库。
水稻 http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/ 法国
水稻T-DNA插入突变数据库，该数据库包括了侧冀突变标签的分析的那个信息来做反向遗传学的研究。
水稻 http://www.iris.irri.org/ 美国
水稻胚质基因型数据库，以及水稻功能基因组和蛋白组。
水稻 http://www.ncgr.ac.cn/ 中国
我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种。
水稻 http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi 日本
WILD RICE DATABASE野生稻数据库。
水稻 http://www.plantgenomics.cn/ 中国
Plant中国地域基因组会议，包含有很多农学的生物信息学课题。
水稻 http://www.retroryza.org 美国
RetrOryza是一个提供水稻的LTR- Retrotransposons的数据库，提供了目前已经进行过功能注释的242个家族的反转位子的信息，包括Primer Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
水稻 http://www.riceweb.org/ 菲律宾
关于世界范围的水稻生产和市场等情况。
水稻 http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp 日本
水稻科学整合数据库
水稻 http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp 日本
水稻遗传学和基因组学数据库，该数据库涵盖了从水稻的传统的遗传学信息到最新遗传研究方面的进展，还包括一些热门研究方面的课题。
水稻 http://www.staff.or.jp/giot/INE.html 日本
INE水稻基因数据库。
水稻 http://www.tigr.org/tdb/rice/ 美国
美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库重复序列库，以及基因索引。
棉花 http://algodon.tamu.edu/ 美国
cottonDB美国南方平原农业研究中心所维护的棉花数据库
棉花 http://cottondb.org/ 美国
CottonDB是一个包含有棉花基因组学、遗传学和分类学数据的数据库，同时它也是一个不断增加新数据和棉花研究者资料的数据库。
棉花 http://www.cottonmarker.org/ 美国
棉花标记数据库，由多家科研团体协作完成，包含有大量的已公布的序列标记数据。
大麦 http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3 欧洲
欧洲大麦数据库（EBDB）收集的信息主要来源于ECP/GR Working Group对于大麦的研究数据，由德国Gatersleben的IPK植物基因组和作物研究所维护。
大麦 http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html 英国
该在线数据库包括在SCRI开展的通过交叉测序的方法挖掘到小麦和大麦的基因的SNPs的信息，目前由SCRI植物生物信息学组维护。
大麦 http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/ 日本
该数据库中包含由日本冈山大学生物资源研究中心收集的大麦种质资源和基因组分析数据。
小麦 http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/ 德国
大麦，小麦，豆类番茄EST数据库
小麦 http://synteny.nott.ac.uk/ 英国
UK CropNet该数据库主要提供了各类有关农作物的基因数据，包括Arabidopsis thaliana、Barley、Brassica spp.、Forage Grasses、Millet and tef、Alfalfa、Chlamydomonas、Dictyostelium等18个物种基因数据库。
小麦 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml 美国
谷类作物信息数据库，该数据库包括了小麦，大麦，燕麦黑麦和黑小麦等品种的遗传信息和遗传图谱。
小麦 http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm 法国
由捷克共和国的作物种植研究所维护的小麦数据库。
小麦 http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html 日本
日本小麦网，由６所大学和研究所联合维护
小麦 http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/ 美国
由TIGR institute维护的小麦基因组数据，提供小麦的基因组及基因注释，并且可用于基因组注释等分析。同时，还提供其他谷类作物的同源基因数据，如玉米、大麦、高粱、水稻等。