Nature Genetics：人类全基因组同步分析方法诞生

2010/09/01 11:23:25

德国马普分子遗传学研究所和柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家们成功发明了一种新分析方法——“外显子组序列世系过滤法”（descent filtering of exome sequence），该方法可以同时分析人类基因组的所有基因。

该方法首次应用于柏林一个家庭的三个孩子身上，他们患有罕见的智力缺陷遗传病——马布里综合症（Mabry Syndrome）。研究利用高通量测序方法从整个基因组找出了22000个基因，解码它们的序列并检查突变位点。最终，运用新的生物信息学分析方法，科学家将突变的数量限制到2个，而其中一个突变（PIGV突变）是最终导致马布里综合症发生的原因。马普分子遗传学研究所的Michal Ruth Schweiger形容这项工作就像“大海捞针”。PIGV基因发生了突变，导致某些蛋白质功能丧失，比如，使得碱性磷酸酶不能够与细胞膜表面结合。

相关论文发表在8月29日出版的《自然—遗传学》杂志上。这种新的基因组分析方法使得对极其罕见疾病中基因突变的鉴定成为可能，并向个性化的分子药物研发迈出了重要的一步。

---

Nature Genetics doi:10.1038/ng.653

Identity-by-descent filtering of exome sequence data identifies PIGV mutations in hyperphosphatasia mental retardation syndrome

Peter M Krawitz, Michal R Schweiger1, Christian R?delsperger, Carlo Marcelis, Uwe K?lsch, Christian Meise, Friederike Stephani, Taroh Kinoshita, Yoshiko Murakami, Sebastian Bauer, Melanie Isau, Axel Fischer, Andreas Dahl, Martin Kerick, Jochen Hecht1,, Sebastian K?hler, Marten J?ger, Johannes Grünhagen, Birgit Jonske de Condor, Sandra Doelken, Han G Brunner, Peter Meinecke, Eberhard Passarge, Miles D Thompson, David E Cole, Denise Horn, Tony Roscioli, Stefan Mundlos, & Peter N Robinson,

Hyperphosphatasia mental retardation (HPMR) syndrome is an autosomal recessive form of mental retardation with distinct facial features and elevated serum alkaline phosphatase. We performed whole-exome sequencing in three siblings of a nonconsanguineous union with HPMR and performed computational inference of regions identical by descent in all siblings to establish PIGV, encoding a member of the GPI-anchor biosynthesis pathway, as the gene mutated in HPMR. We identified homozygous or compound heterozygous mutations in PIGV in three additional families.